Després de la derrota de Muret el 1213, el bisbe càtar de Tolosa Gilabert de Castres, es refugia al castell, que es converteix en un lloc de refugi de les "bones persones". El 1241, a petició del rei de França, Lluís IX, el comte Ramon VII de Tolosa, emprèn el setge del castell que, probablement sense combat, finalitza en fracàs.
Essent propietat d'Esclarmunda de Foix, s'hi refugiaren alguns càtars que participaren el 1242 en la matança dels inquisidors a Avinyonet, encapçalats per Pere Roger de Mirepeis.
Al maig de 1243, el senescal de Carcassona, Hugues del Arcis, emprèn el definitiu setge del castell. Després de 10 mesos, i com a conseqüència de la traïció de muntanyesos de la regió, Ramon de Perella i Pere Roger de Mirepeis comencen la negociació que durà a la rendició del lloc. Els vencedors donen quinze dies de termini als vençuts per abandonar el castell. Podran optar entre l'abjuració de la seva fe i la foguera. Una pira gegantina consumí els cossos d'uns dos-cents màrtirs del pur amor crestian i de la defensa de la llibertat de la pàtria al Prat dels Cremats, sacrifici actualment commemorat per un monument als peus de la muntanya.
La llegenda assegura que els quinze dies de treva van permetre posar en lloc segur el famós tresor dels càtars, així com finalitzar la formació espiritual de les persones reunides dins les parets del castell. Les persones nobles, els soldats i els mercenaris de la guarnició van ser alliberats i requerits per la Inquisició, conforme als acords presos en el moment de la capitulació.
El castell passa a propietat de Guy de Lévis, antic company de Simó de Montfort, qui edifica una nova ciutadella de la que provenen les restes actuals.